Projekti / Programi
Podatkovno rudarjenje za integrativno analizo podatkov v sistemski biologiji
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 2.07.07 |
Tehnika |
Računalništvo in informatika |
Inteligentni sistemi - programska oprema |
| Koda |
Veda |
Področje |
| 1.02 |
Naravoslovne vede |
Računalništvo in informatika |
Raziskovalci (7)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
15660 |
dr. Marko Debeljak |
Biologija |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
313 |
| 2. |
11130 |
dr. Sašo Džeroski |
Računalništvo in informatika |
Vodja |
2009 - 2012 |
1.204 |
| 3. |
26475 |
dr. Valentin Gjorgjioski |
Računalništvo in informatika |
Mladi raziskovalec |
2010 - 2011 |
15 |
| 4. |
32284 |
dr. Elena Ikonomovska |
Računalništvo in informatika |
Mladi raziskovalec |
2010 - 2012 |
17 |
| 5. |
31050 |
dr. Dragi Kocev |
Računalništvo in informatika |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
204 |
| 6. |
27759 |
dr. Panče Panov |
Računalništvo in informatika |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
155 |
| 7. |
22279 |
dr. Bernard Ženko |
Računalništvo in informatika |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
172 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0106 |
Institut "Jožef Stefan" |
Ljubljana |
5051606000 |
90.724 |
Pomen za razvoj znanosti
Raziskave, ki so potekale v okviru tega projekta, so pomembne za razvoj več
znanstvenih disciplin. Tako so najprej prispevale nova znanja na področju
računalništva (informacijskih tehnologij), oz. bolj natančno na področju
strojnega učenja in rudarjenja podatkov. Projekt je z razvojem metod za analizo kompleksnih strukturiranih podatkov ter razvojem ontologije
podatkovnega rudarjenja za podporo kompleksnim postopkom
odkrivanja znanja pomembno premaknil meje trenutno najsodobnejših raziskav.
Naše raziskave so pomembne tudi za znanstvene discipline, ki uporabljajo
novo razvite metode. Predvsem tu mislimo na sistemsko biologijo, kjer je
zelo očitna potreba po analizi kompleksnih strukturiranih podatkov,
vseeno pa obstaja le malo metod za analizo takih podatkov. Z
upoštevanjem teh potreb sistemske biologije naše raziskave pomembno
vzpodbujajo njen razvoj.
Problem analize kompleksnih strukturiranih podatkov (iz heterogenih
virov in ob upoštevanju domenskega predznanja) pa ni prisoten le v
sistemski biologiji, ampak tudi na mnogih drugih znanstvenih področjih.
Podatki o okolju lahko na primer zlahka dosežejo podobno kompleksnost
kot podatki v sistemski biologiji. Uporabnost razvitih pristopov smo
prikazali tudi na več problemih analize okoljskih podatkov. Metode, ki smo
jih razvili v okviru tega projekta so tako uporabne tudi na drugih
znanstvenih področjih, ki se srečujejo z analizo kompleksnih podatkov.
Pomen za razvoj Slovenije
Menimo, da imajo rezultati naših raziskav direkten vpliv na slovensko
gospodarstvo in družbo na področju informacijskih in biotehnologij ter
posredno na področju zdravja in trajnostnega razvoja. Bolj podrobno, na
področju informacijskih tehnologij predvidevamo, da bi lahko razvite
metode za analizo kompleksnih podatkov ob uporabi predznanja v obliki
ontologij botrovale nastanku programskega produkta. Tega bi potencialno
lahko tržili uporabnikom na več (tudi tehničnih) področjih.
Informacijske tehnologije so močno zastopane v slovenski industriji, ki
bi lahko rezultate projekta pretvorila v tržni produkt.
Razvite metode uporabljamo na področju sistemske biologije, tj. za
integrativno analizo različnih podatkov o celičnih procesih. Genske
regulacijske poti odkrite na ta način so lahko uporabljene za razvoj
novih terapij za preučevane bolezni, kar je pomembno za farmacevtsko
industrijo na sploh ter še posebej za slovensko farmacevtsko industrijo.
Bolezni, ki smo jih preučevali, vključujejo embrionalne tumorje ter okužbe s
salmonelo in tuberkulozo.
Projekt je izboljšal vidnost slovenskih znanstvenikov in Slovenije na
specifičnih področjih, ki se jih dotika (strojno učenje, bioinformatika
in sistemska biologija) kot tudi na širših znanstvenih področjih
(informacijske tehnologije in biologija). Poleg tega je izboljšal
mednarodno sodelovanje slovenskih znanstvenikov, saj smo pri raziskavah
sodelovali (in še naprej sodelujemo) s Katoliško univerzo Leuven v Belgiji, Univerzo v Portu na Portugalskem, Centrom za integrativno sistemsko biologijo na Imperial
College v Londonu, Univerzitetnim medicinskim centrom v Leidnu in
Inštitutom Max Planck za celično biologijo in genetiko iz Dresdna. Takšno
sodelovanje vzpodbuja nastanek konzorcijev ter predlogov mednarodnih in
evropskih projektov na obravnavanjih področjih.
Projekt je spodbudil prenos znanja na področju sistemske biologije v
Sloveniji. Sistemska biologija je porajajoče se raziskovalno področje,
ki bo v prihodnosti pridobilo na pomembnosti. Konkreten primer prenosa
znanja je bila organizacija delavnic MLSB 2009 (Third Workshop on
Machine Learning in Systems Biology) v Ljubljani in MLSB 2010 (Fourth
Workshop on Machine Learning in Systems Biology) v Edinburgu na
Škotskem. To je ugledna mednarodna delavnica z vabljenimi predavatelji
in recenziranimi prispevki visoke kvalitete, ki je vsakič pritegnila več
kot 60 udeležencev.
Poleg tega je projekt prispeval k razvoju raziskovalcev na omenjenih
področjih tako na doktorskem kot podoktorskem nivoju. Znanstvena vsebina
projekta je povezana z vsebinami več predmetov, ki jih poučujemo na
Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana v Ljubljani in na Univerzi v
Novi Gorici. Raziskave so tako prispevale k nadaljnjemu razvoju in
izboljšavam teh učnih predmetov.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2009,
2010,
2011,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2009,
2010,
2011,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
