Projekti / Programi
Odnosi parazitskega obstajanja
01. januar 2022
- 31. december 2027
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.01.00 |
Medicina |
Mikrobiologija in imunologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.01 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Temeljna medicina |
bakteriologija, imunologija, virologija, zoonoze, sindromski pristop, mikrobiota, sekveniranje naslednje generacije, komplementni sistem, APC, HPV, imunopatogeneza, ortoreovirus, prenašalci, Borrelia, SARS-CoV-2, KME, HMRS
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan
04. junij 2023;
A3 za obdobje
2017-2021
| Baza |
Povezani zapisi |
Citati |
Čisti citati |
Povprečje čistih citatov |
| WoS |
1.180 |
27.085 |
24.073 |
20,4 |
| Scopus |
1.244 |
31.690 |
28.175 |
22,65 |
Raziskovalci (56)
Organizacije (1)
Povzetek
Programsko skupino sestavljajo različni sklopi medicinske mikrobiologije, ki jih povezujejo raziskave molekularne epidemiologije, ekologije ter proučevanje genetskih značilnosti in patogeneze določenih mikroorganizmov s katerimi želimo prepoznati razširjenost patogenov ter njihovo genetsko in fenotipsko raznolikost. SKLOP BAKTERIOLOGIJA: V prihodnjem obdobju bomo z molekularnimi metodami opredelili genetsko raznolikost bakterij Chlamydia trachomatis in Mycoplasma genitalium. Vpeljali bomo molekularne tehnike in sekveniranje naslednje generacije za ugotavljanje mutacij povezanih z odpornostjo bakterij proti antibiotikom. Uvedli bomo sindromske pristop pri bakterijskih okužbah in vpeljali molekularne metode za dokazovanje nizko virulentnih povzročiteljev okužb sklepnih vsadkov. Opredeliti želimo ekološko nišo C. neoformans sensu lato v Sloveniji in jamsko mikrobioto in njen vpliv na človeka in obratno. SKLOP IMUNOLOGIJA: Na področju imunologije se bomo v prihodnjih letih osredotočili na motnje v prirojeni imunosti. Identificirati želimo različne tipe APC ter analizirati ekspresijo genov, ki sodelujejo pri vnetnem in regulatornem imunskem odzivu pri bolnikih s specifičnimi avtovnetnimi boleznimi, in sicer PFAPA, CAPS in SJIA. Želimo ugotoviti, ali je aktivnost bolezni povezana s pogostostjo pojavljanja določenih podskupin DC in njihovo funkcijo. Pri bolnikih z različnimi stopnjami genetskih rizičnih dejavnikov za razvoj aHUS želimo pojasniti stopnjo vpliva dejavnikov iz okolja, ki aktivirajo komplement. SKLOP VIROLOGIJA: Skušali bomo prepoznati dejavnike tveganja, ki so značilno povezane z agresivnim kliničnim potekom papilomatoze grla. Ugotoviti želimo kateri genotipi HPV so povezani z nastankom navadnih kožnih bradavic in metode kvantifikacije tarčnih genotipov HPV. Opredelili bomo genomske raznolikosti virusa molluscum contagiosum ter patogenezo genetskih različice netopirskega sesalčjega ortoreovirusa, ki je dokazano že preskočil na človeka. Osredotočili se bomo na patogenezo HMRS in KME, ki predstavljata pomembno javnozdravstveno breme, ne samo v Sloveniji, ampak tudi v Evropi. Poleg tega se bomo osredotočili na razvoj metagenomskega pristopa NGS za odkrivanje redkih in neznanih patogenov centralnega živčnega sistema za izboljšanje diagnostičnega pristopa. SKLOP ZOONOZE: Vzpostavili bomo sistematično vzorčenje prenašalcev zoonotskih bolezni v Sloveniji in opredelili mikroorganizme, ki jih le-ti prenašajo. Ugotavljali bomo pojavnost posameznih vrst povzročiteljev (Borrelia sp., Leptospira sp., Cryptosporidium sp., Leishmania sp.) zoonotskih bolezni pri ljudeh v Sloveniji ter uvedli metode za tipizacijo posameznih vrst. Sledili bomo genetskim različicam virusa SARS-CoV-2, proučevali fenotipske razlike med različnimi genetskimi različicami ter primerjali sposobnost nevtralizacije različnih sevov. Proučevali bomo vzroke za nepojasnjeno vročinsko bolezen z bicitopenijo po vbodu klopa ali komarja.
Pomen za razvoj znanosti
Na področju bakteriologije bomo ugotovljali obseg odpornosti proti makrolidom in fluorokinolonom bakterije Mycoplasma genitalium v Sloveniji in opredelili genotipe Chlamydia trachomatis, ki se pojavljajo pri slovenskih bolnikih z limphogranulomom venereum. Vpeljali bomo sindromske molekularne metode za dokaz najpogostejših bakterijskih povzročiteljev ter z metodami globokega sekveniranja opredelili izbrane vrste iz družine enterobakterij. Razvili bomo kombinacijo metod za izboljšanje občutljivosti in specifičnosti mikrobiološke diagnostike okužb vsadkov in opredelili načine za ugotavljanje odpornosti proti biocidom. Ugotovili bomo razširjenost in vrstno zastopanost Cryptococcus neoformans sensu lato na različnih rastlinskih vrstah v vseh fitogeografskih regijah Slovenije ter opredelili občutljivost osamljenih kriptokokov za antimikotike ter ugotovili antropogeni vpliv na strukturo in dinamiko jamske mikrobiote. V imunološki raziskavi avtovnetnih bolezni bomo razvili diagnostični algoritem in poiskali specifične označevalce, ki bi lahko zanesljivo napovedali odziv na zdravljenje omenjenih bolnikov, s čimer bomo olajšali nadzor nad vnetjem in zmanjšali tveganje za kasnejše zaplete. Ker se je v zadnjih letih povečal spekter ledvičnih bolezni, ki so povezane z motnjo uravnavanja komplementnega sistema, bomo poskušali prispevati k razkrivanju patofizioloških procesov v ledvicah, ki so posledica atipičnega hemolitičnega uremičnega sindroma in C3-glomerulopatije, pri odkrivanju novih kliničnih fenotipov bolezni in diagnostični obravnavi bolnikov s pomanjkljivostmi komplementa. Na virusnem področju bomo opredelili dejavnike tveganja, ki so značilno povezani z agresivnim kliničnim potekom laringealne papilomatoze. V vzorcih navadnih kožnih bradavic bomo prvič doslej zanesljivo ugotovili, kateri genotipi človeških papilomavirusov (HPV) so povezani z nastankom 95 % primerov. Pridobili bomo natančne podatke o kvantifikaciji tarčnih genotipov HPV dobimo s PCR v realnem času ali z digitalnim PCR. V nadaljevanju bomo opredelili svetovno genomsko raznolikost virusa molluscum contagiosum (MCV). Na področju enteričnih virusov bomo spremljali molekularno epidemiologijo norovirusov in rotavirusov, ki še vedno ostajata glavna povzročitelja gastroenteritisov pri ljudeh, ter izvedli patogenetske raziskave o zmožnosti novoodkritih sesalčjih ortoreovirusov za širjenje v centralni živčni sistem. Opredelili bomo vzroke za okužbe dihal pri otrocih, saj jih je kar 40 % nepojasnjenih. Poskušali bomo prepoznati imunopatogenetske mehanizme pri okužbi z virusom KME in hantavirusi, kajti tovrstne okužbe so še zmeraj velik javnozdravstveni problemi v Sloveniji in Evropi. Za odkrivanje redkih in neznanih patogenov centralnega živčnega sistema bomo razvili metagenomski pristop in s tem izboljšali poznavanje etiologij okužb osrednjega živčevja. V prihodnjih letih želimo vzpostaviti moderen sistem spremljanja različnih zoonotskih agensov. Sledili bomo pojavu tako novih kot zdravstveno in epidemiološko pomembnih genetskih različic virusa SARS-CoV-2. Opredelili bomo pogostnost okužb z borelijami in leptospirami ter geografske in časovne razlike v pojavnosti posameznih vrst, na podlagi česar bomo nato ustvarili tudi knjižnico izolatov ter opredelili pomen molekularne diagnostike omenjenih okužb. Opredelili bomo genetsko pestrost Cryptosporidium parvum pri nas in s tem prispevali k mednarodni standardizaciji tipizacijske sheme. Informacije o vrsti lišmanije, ki pri bolniku povzroča lišmaniozo, vpliva na uvedbo ustreznega zdravljenja ter na uvedbo ustreznih varovalnih ukrepov, zato bomo uvedli ustrezne teste za opredeljevanje prisotnosti omenjenega mikroorganizma. Izvedli bomo obširno statistično analizo na podlagi katere bomo pridobili informacije o prisotnosti Toxoplasme gondii med nosečnicami v Sloveniji, kar bo pomembno prispevalo k umestitvi Slovenije v evropsko epidemiološko sliko in k razmisleku o potrebi/smiselnosti uvedbe slovenskega registra kongenitalne toksoplazmoze.
Pomen za razvoj Slovenije
Glavni prispevek programa v razvoju Slovenije je njegov vpliv na zdravje posameznikov v državi. Dobro poznavanje stanja v državi na področju razširjenosti, vrstne specifičnosti mikroorganizmov in njihove odpornosti na protivirusna zdravila je ključno za vse nas. Slovenija je del širšega evropskega prostora in vse bolj globalnega sveta, zato mora biti pripravljena na vnos številnih mikroorganizmov oziroma njihovih različic, ter njihovo pravilno in hitro opredelitev saj to pomembno vpliva tako na zdravljenje kot tudi ukrepe omejevanja. Poznavanje pojavnosti odpornosti proti antibiotikom, antimikotikom in biocidom ter hitro in učinkovito dokazovanje le-teh bo ključno vplivalo na uspešno zdravljenje bolnikov, kar bo posredno vplivalo tudi na zmanjšanje bremena na javnozdravstveni sistem. Sodobne molekularne genotipizacijskih metode bodo prispevale k boljšemu poznavanju epidemiologije bakterijskih in glivnih okužb ter k izboljšanju različnih pristopov v bolnišnični higieni. Poznavanje mehanizmov, ki mikroorganizmom omogočajo odpornost proti antibiotikom na molekularnem nivoju, bo omogočilo tako pripravo smernic za zdravljenje kot tudi razvoj novih, učinkovitejših protimikrobnih snovi. Celotni bakterijski genomi, pridobljeni z globokim sekveniranjem in arhivirani v javno dostopnih zbirkah. Razvoj metod dokazovanja okužb vsadkov bo omogočil ustreznejšo obravnavo bolnikov in izboljšanje obstoječih algoritmov zdravljenja. Poznavanje ekološke niše Cryptococcus neoformans sensu lato bo pomembno vplivalo na interpretacijo epidemiološke situacije kriptokokoze v Sloveniji. Poznavanje antropogenih dejavnikov spreminjanja strukture in dinamike mikrobiote zraka jam bo vplivalo na razlago biospeleogeneze in ekologije občutljivih jamskih ekosistemov. V sklopu raziskovanja avtovnetnih bolezni bomo razvili diagnostične algoritme in poiskali specifične označevalce, ki bi lahko zanesljivo napovedali odziv bolnikov na zdravljenje. S tem bomo lažje nadzirali vnetje in zmanjšali tveganje za kasnejše zaplete, ki pa so posredno povezani s povečanimi stroški zdravljenja. Določitev patogenih genetskih sprememb s pomočjo molekularne diagnostike bo omogočila natančnejšo diagnostiko ledvičnih bolezni, kot je tipičen hemolitični uremični sindrom, in individualni pristop k obravnavi in zdravljenju omenjenih bolnikov. Naše ugotovitve bodo pomembno prispevale k znanju o patogenezi, kliničnem poteku ter obravnavi bolnikov z papilomatozo grla, saj bomo tako lahko že ob diagnozi bolezni prepoznali bolnike s tveganjem za agresivnejši potek. Genotip HPV, ki povzroča navadne kožne bradavice bi lahko bil pomemben pri uvedbi od HPV-odvisnega zdravljenja kožnih bradavic in določitvi najbolj ustreznih tarčnih genotipov HPV v razvoju novih cepiv proti kožnim genotipom HPV, ki so še posebej pomembna za imunsko oslabljene osebe. HMRS in KME sta še zmeraj velik javnozdravstven problem, saj se vsako leto okuži veliko število ljudi v Sloveniji, zato se bomo osredotočili na raziskave patogeneze teh virusov. Poskušali bomo opredeliti etiologije tako respiratornih bolezni pri otrocih kot tudi okužb osrednjega živčevja, saj je velik delež le-teh še nepoznan. Sodelovanje v številnih mednarodnih mrežah ki vključujejo strokovnjake iz Evrope in po svetu, nam bo še naprej omogočalo dostop do potrebnih informacij za izboljšanj raziskovalnega dela in dodani uporabni vrednosti naših rezultatov, nenazadnje pa na ta način prispevamo tudi k ugledu in prepoznavnosti Slovenije na mednarodnem nivoju. Informacije o razširjenosti patogenov v različnih prenašalcih (komarji, klopi, peščene muhe in glodavci) in poznavanje vrst prenašalcev, kar je eden izmed glavnih namenov delovnega sklopa zoonoze je izrednega pomena za izdelavo ocen tveganja in sisteme zgodnjega obveščanja, pri čimer sodeluje naša raziskovalna skupina. Naša skupina bo še naprej sodelovala pri ustvarjanju smernic za diagnostiko okužbe lajmske borelioze, zdravljenje bolnikov in preprečevanje okužb, kar bo pomembno vplivalo na zmanjševanje bremena v zdravstveni blagajni. Z raziskavami bomo prispevali k mednarodni standardizaciji tipizacijske sheme Cryptosporidium parvum na podlagi MLVA. Z raziskavami lišmanioze bomo vplivali na uvedbo ustreznega zdravljenja omenjenih bolnikov ter preverili smiselnost uvedbe nacionalnega registra kongenitalne toksoplazmoze. Spremljali bomo genetske različice virusa SARS-CoV-2, kar je ključno za poznavanje epidemiološke situacije, oceno učinkovitosti cepiv in zaščito pri prebolevnikih ter potencialno omejevanje problematičnih genetskih različic virusa.
