Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Metodologija za analizo podatkov v medicini

Obdobja
Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
3.08.00  Medicina  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)   
1.01.00  Naravoslovje  Matematika   

Koda Veda Področje
B110  Biomedicinske vede  Bioinformatika, medicinska informatika, biomatematika, biometrija 

Koda Veda Področje
3.03  Medicinske in zdravstvene vede  Zdravstvene vede 
Ključne besede
biostatistika, analiza preživetja, relativno preživetje, pojasnjena variabilnost, visoko-razsežni podatki, uvrščanje, neravnotežje, metode ojačevanja, regresijski modeli, kakovost v zdravstvu, bibliometrija, analiza znanstvene literature.
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (33)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  30722  dr. Rok Blagus  Sistemi in kibernetika  Raziskovalec  2015 - 2021  195 
2.  50629  Naja Bohanec  Naravoslovje  Mladi raziskovalec  2017 - 2018 
3.  20134  dr. Mojca Čižek Sajko  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2017 - 2018  106 
4.  04041  dr. Jurček Dimec  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2017 - 2018  101 
5.  18263  Miha Elsner    Tehnični sodelavec  2019 
6.  30813  dr. Nuša Erman  Matematika  Raziskovalec  2015  76 
7.  22621  dr. Polonca Ferk  Metabolne in hormonske motnje  Raziskovalec  2019 - 2021  141 
8.  11373  dr. Dimitar Hristovski  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2015 - 2021  145 
9.  07705  dr. Emil Hudomalj  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2015 - 2021  39 
10.  26484  dr. Andrej Kastrin  Medicina  Raziskovalec  2016 - 2021  145 
11.  24344  dr. Nataša Kejžar  Sistemi in kibernetika  Raziskovalec  2015 - 2021  154 
12.  33788  dr. Alenka Kovačič  Farmacija  Raziskovalec  2019 - 2020  216 
13.  29100  Maja Kunstelj    Tehnični sodelavec  2015 - 2021 
14.  53932  Erik Langerholc  Matematika  Mladi raziskovalec  2020 - 2021 
15.  15355  dr. Branimir Leskošek  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2016 - 2021  181 
16.  29099  Aleš Leskovšek    Tehnični sodelavec  2018 - 2019 
17.  29917  dr. Lara Lusa  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2017 - 2021  250 
18.  51959  dr. Damjan Manevski  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Mladi raziskovalec  2018 - 2021  41 
19.  37491  dr. Klemen Pavlič  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2015 - 2018  24 
20.  38062  Jure Pesko    Tehnični sodelavec  2021 
21.  51964  dr. Jakob Peterlin  Matematika  Mladi raziskovalec  2018 - 2021 
22.  23437  dr. Maja Pohar Perme  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2015 - 2021  291 
23.  32048  dr. Anamarija Rebolj Kodre  Sistemi in kibernetika  Mladi raziskovalec  2015 - 2016  22 
24.  55842  Polona-Maja Repar  Sistemi in kibernetika  Mladi raziskovalec  2021 
25.  03410  dr. Drago Rudel  Medicina  Raziskovalec  2019 - 2020  193 
26.  33230  dr. Nina Ružić Gorenjec  Matematika  Raziskovalec  2015 - 2016  51 
27.  08992  dr. Janez Stare  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Vodja  2015 - 2021  277 
28.  18170  dr. Gregor Šega  Naravoslovje  Raziskovalec  2021  40 
29.  38274  mag. Rianne van den Broeke  Medicina  Mladi raziskovalec  2015 - 2017 
30.  36368  dr. Marko Vidak  Medicina  Raziskovalec  2019  22 
31.  17837  dr. Gaj Vidmar  Sistemi in kibernetika  Raziskovalec  2015 - 2021  545 
32.  53468  dr. Bor Vratanar  Matematika  Mladi raziskovalec  2019 - 2021  24 
33.  55506  Nadja Žlender    Tehnični sodelavec  2021 
Organizacije (1)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0381  Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta  Ljubljana  1627066  46.173 
Povzetek
V okviru biostatistike se bomo osredotočili na tri področja:   · Pojasnjena variabilnost v analizi preživetja ima v naši skupini najdaljšo tradicijo in o njej smo objavili veliko člankov. V bližnji prihodnosti se bomo ukvarjali z zahtevanimi lastnosti tovrstnih mer, pri čemer menimo, da je sedanje razumevanje teh lastnosti (zlasti pristranosti) napačno in ga je potrebno spremeniti. Kasneje se bomo posvetili še drugim lastnostim, recimo primerljivosti med modeli in razumevanju lestvice posameznih mer. Razširiti nameravamo definicijo naše mere Re na sotveganja in večstanjske modele, poleg tega pa sodelujemo pri razvoju nove mere.   · Na področju relativnega preživetja nameravamo še naprej razvijati analitične metode, h katerim smo veliko prispevali že v preteklosti. Osredotočili se bomo predvsem na cenilko čistega preživetja, ki smo jo nedavno uvedli in je za ta namen edina konsistentna. Preučili bomo njeno vedenje in potrebne popravke v primeru informativnega krnjenja ali diskretno beleženih podatkov ter napisali programje, ki bo omogočilo širšo uporabo naše metodologije. Menimo, da bo pristop s psevdo vrednostmi lahko v pomoč pri reševanju zgoraj navedenih problemov.   · Nadaljevali bomo tudi delo na hitro rastočem področju visokorazsežnih podatkov, kjer število spremenljivk močno presega število enot. Osredotočamo se na probleme uvrščanja za podatke z neuravnoteženimi razredi in uporabo posebnih regresijskih modelov. Nadaljevati želimo vrednotenje delovanja obstoječih metod pod temi pogoji, pri čemer bomo raziskovanje razširili iz dveh na probleme z več razredi. Posvetili se bomo tudi metodam ojačevanja in logistični regresiji s kaznijo. Naši začetni rezultati so pokazali, da se da uspešnost teh dveh pristopov na visokorazsežnih (in neuravnoteženih) podatkih močno izboljšati. Prepoznati želimo razloge za njuno neuspešnost in predlagati rešitve. Poleg tega bomo svoje raziskave razširili na intenzivne longitudinalne podatke, kjer so spremenljivke v pogostih intervalih merjene čez daljše časovno obdobje, zato je ponovljenih meritev zelo veliko.   Na področju odkrivanje znanja iz literature nameravamo delovati v dveh smereh:   · naprej razvijati naši orodji (BITOLA in SemRep) v smislu učinkovitejšega ravnanja s podatki grafovske narave, pri čemer bomo vključili eksperimente, ki merijo izražanje celotnega eksoma, ter preizkusili orodja s področja semantičnega spleta; · praktična uporaba, npr. preučevanje stranskih učinkov zdravil in uporaba nutrigenomskih podatkov za svetovanje prehrane pri določenih boleznih.   Na področju bibliometrije bomo preučevali različne mere znanstvene kakovosti. Poudarek bo na številu čistih citatov na avtorja, ki se že dolgo uporablja v Sloveniji na področju medicine.   Na področju spremljanja kakovosti v zdravstvu bomo še naprej razvijali svoj pristop k odkrivanju odstopajočih vrednosti in sodelovali z medicinskimi raziskovalci glede možnega definiranja novih kazalnikov kakovosti za posamezne veje medicine.
Pomen za razvoj znanosti
Pomen za razvoj znanosti se seveda lahko hitro preceni. Mi ocenjujemo, da smo na področju biostatistike, bioinformatike in bibliometrije v preteklem obdobju naredili zelo veliko, kar je razvidno iz objav. Posebej smo tudi ponosni na odmevnost našega dela, ki se kaže v citiranosti in vabilih za predavanja na mednarodnih konferencah ali institucijah. Podatki o citiranosti so razvidni iz bibliometrične analize naše skupine, tukaj naj posebej poudarimo, da je bil članek, ki smo ga objavili v reviji Biometrics v letu 2012, najbolj citiran članek te revije, med članki objavljenimi v letih 2012 in 2013. Tule je povezava na ta podatek http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1541-0420/homepage/MostCited.html Ob tem naj povemo, da je Biometrics ena najbolj uglednih biostatističnih revij v svetu. Tudi na ostalih področjih smo objavljali članke v vrhunskih revijah, na področju bibliometrije v zadnjem času kar dva v reviji Journal of Informetrics, ki je na svojem področju med 84 revijami na 2. mestu, kar šteje za vrhunski dosežek. Naše delo na metodološkem področju se pozna tudi pri podpori raziskovalnemu delu v slovenski medicini, kjer v sodelovanju z medicinskimi raziskovalci objavimo po več deset člankov letno. Glede na majhnost skupine je to zelo veliko.
Pomen za razvoj Slovenije
V oklepajih na koncu vsake alineje so označene kode, ki jih uporablja ARRS za dejavnosti, ki družbeno-ekonomske pomembne. Člani programske skupine predavajo na bolonjskih študijih 1. in 2. stopnje na 5 fakultetah Univerze v Ljubljani (Medicinska fakulteta (na obeh smereh), Fakulteta za veterino, Zdravstvena fakulteta (4 smeri), Fakulteta za elektrotehniko, smer Uporabna statistika) na skupno 13-ih predmetih (9 statističnih, 4 informacijskih), na dveh fakultetah Univerze na Primorskem (FAMNIT in FVZ) pri treh predmetih in na treh predmetih univerzitetnih doktorskih študijev Biomedicina in Statistika na Univerzi v Ljubljani. (B2 2.2) V zadnjih desetih letih so bili predvideni člani programske skupine mentorji pri 5-ih doktorskih disertacijah in somentorji pri 4-ih, enkrat mentor in enkrat somentor pri magistrskih delih, 2x somentorji pri magistrskih delih bolonjskega študija, 2x mentorji in 7x somentorji pri diplomskih delih, ter 1x mentor in 4x somentorji pri diplomskih delih bolonjskega študija 1. stopnje. (B2 2.2) Maja Pohar Perme je v prilogi Znanost časopisa Delo objavila članek Statistika v boju proti dopingu: biološki potni list z veliko verjetnostjo prinaša tudi obsodbe nedolžnih (http://m.delo.si/clanek/155859) (B2 2.4) Člani skupine so 15.11. 2012 sodelovali v TV oddaji Dobra ura, ki je bila namenjena statistiki (ogled tukaj http://ava.rtvslo.si/predvajaj/dobra-ura/ava2.150593290/) (B2 2.4) Janez Stare je predsednik Programskega sveta univerzitetnega doktorskega študija Statistika in podpredsednik Programskega sveta drugostopnejskega študija Uporabna statistika. (B2 2.6) Maja Pohar Perme je članica Programskega sveta drugostopnejskega študija Uporabna statistika. (B2 2.6) Lara Lusa je sourednica Revije Metodološki zvezki/Advances in Methodology  and Statistics. (B2 2.6) Janez Stare je že vrsto let predsednik programskega odbora mednarodne konference Applied Statistics, Gaj Vidmar in Lara Lusa pa člana programskega odbora. (B2 2.6) Gaj Vidmar je glavni urednik revije Informatica Medica Slovenica. (B2 2.6) Maja Pohar Perme je sourednica revije Zdravniški vestnik. (B2 2.6) Janez Stare je bil član programskega odbora konference ISCB V Ottawi 2013, Maja Pohar Perme pa članica programskega odbora konference ISCB v Munchnu 2013. (B2 2.6) Janez Stare je član statističnega sveta Statističnega urada RS. (B2 2.6) Rok Blagus je član metodološkega sveta Statističnega urada RS. (B2 2.6) Letno opravimo 5-10 analiz za farmacevtske firme na podatkih njihovih kliničnih raziskav. (B2 2.7) Razvili smo precej programja v okolju R, knjižnica relsurv se precej uporablja v tujini in v našem registru raka. (B2 2.8) Izdelali smo in vzdržujemo različne informacijske sisteme za upravljanje s podatki (varno in zanesljivo multicentrično zbiranje in shranjevanje podatkov skupaj s kompleksnim iskalnikom in možnostjo objave statističnih analiz) za področja kliničnih raziskav, registrov in upravljanja s kakovostjo (npr. OI, farmacevtska podjetja, izvajalci zdravstvenih storitev). Informacijski sistemi so zgrajeni z uporabo lastne platforme, ki jo odlikuje velika prilagodljivost glede na različne vrste zbiranih podatkov (podatkovne modele) ter enostavnost za končne uporabnike. (B2 2.8)
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2015, vmesno poročilo
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2015, vmesno poročilo
Zgodovina ogledov
Priljubljeno