Projekti / Programi
Metodologija za analizo podatkov v medicini
01. januar 2015
- 31. december 2021
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.08.00 |
Medicina |
Javno zdravstvo (varstvo pri delu) |
|
| 1.01.00 |
Naravoslovje |
Matematika |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| B110 |
Biomedicinske vede |
Bioinformatika, medicinska informatika, biomatematika, biometrija |
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.03 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Zdravstvene vede |
biostatistika, analiza preživetja, relativno preživetje, pojasnjena variabilnost, visoko-razsežni podatki, uvrščanje, neravnotežje, metode ojačevanja, regresijski modeli, kakovost v zdravstvu, bibliometrija, analiza znanstvene literature.
Raziskovalci (33)
Organizacije (1)
Povzetek
V okviru biostatistike se bomo osredotočili na tri področja:
· Pojasnjena variabilnost v analizi preživetja ima v naši skupini najdaljšo tradicijo in o njej smo objavili veliko člankov. V bližnji prihodnosti se bomo ukvarjali z zahtevanimi lastnosti tovrstnih mer, pri čemer menimo, da je sedanje razumevanje teh lastnosti (zlasti pristranosti) napačno in ga je potrebno spremeniti. Kasneje se bomo posvetili še drugim lastnostim, recimo primerljivosti med modeli in razumevanju lestvice posameznih mer.
Razširiti nameravamo definicijo naše mere Re na sotveganja in večstanjske modele, poleg tega pa sodelujemo pri razvoju nove mere.
· Na področju relativnega preživetja nameravamo še naprej razvijati analitične metode, h katerim smo veliko prispevali že v preteklosti. Osredotočili se bomo predvsem na cenilko čistega preživetja, ki smo jo nedavno uvedli in je za ta namen edina konsistentna. Preučili bomo njeno vedenje in potrebne popravke v primeru informativnega krnjenja ali diskretno beleženih podatkov ter napisali programje, ki bo omogočilo širšo uporabo naše metodologije. Menimo, da bo pristop s psevdo vrednostmi lahko v pomoč pri reševanju zgoraj navedenih problemov.
· Nadaljevali bomo tudi delo na hitro rastočem področju visokorazsežnih podatkov, kjer število spremenljivk močno presega število enot. Osredotočamo se na probleme uvrščanja za podatke z neuravnoteženimi razredi in uporabo posebnih regresijskih modelov. Nadaljevati želimo vrednotenje delovanja obstoječih metod pod temi pogoji, pri čemer bomo raziskovanje razširili iz dveh na probleme z več razredi. Posvetili se bomo tudi metodam ojačevanja in logistični regresiji s kaznijo. Naši začetni rezultati so pokazali, da se da uspešnost teh dveh pristopov na visokorazsežnih (in neuravnoteženih) podatkih močno izboljšati. Prepoznati želimo razloge za njuno neuspešnost in predlagati rešitve. Poleg tega bomo svoje raziskave razširili na intenzivne longitudinalne podatke, kjer so spremenljivke v pogostih intervalih merjene čez daljše časovno obdobje, zato je ponovljenih meritev zelo veliko.
Na področju odkrivanje znanja iz literature nameravamo delovati v dveh smereh:
· naprej razvijati naši orodji (BITOLA in SemRep) v smislu učinkovitejšega ravnanja s podatki grafovske narave, pri čemer bomo vključili eksperimente, ki merijo izražanje celotnega eksoma, ter preizkusili orodja s področja semantičnega spleta;
· praktična uporaba, npr. preučevanje stranskih učinkov zdravil in uporaba nutrigenomskih podatkov za svetovanje prehrane pri določenih boleznih.
Na področju bibliometrije bomo preučevali različne mere znanstvene kakovosti. Poudarek bo na številu čistih citatov na avtorja, ki se že dolgo uporablja v Sloveniji na področju medicine.
Na področju spremljanja kakovosti v zdravstvu bomo še naprej razvijali svoj pristop k odkrivanju odstopajočih vrednosti in sodelovali z medicinskimi raziskovalci glede možnega definiranja novih kazalnikov kakovosti za posamezne veje medicine.
Pomen za razvoj znanosti
Pomen za razvoj znanosti se seveda lahko hitro preceni. Mi ocenjujemo, da smo na področju biostatistike, bioinformatike in bibliometrije v preteklem obdobju naredili zelo veliko, kar je razvidno iz objav. Posebej smo tudi ponosni na odmevnost našega dela, ki se kaže v citiranosti in vabilih za predavanja na mednarodnih konferencah ali institucijah. Podatki o citiranosti so razvidni iz bibliometrične analize naše skupine, tukaj naj posebej poudarimo, da je bil članek, ki smo ga objavili v reviji Biometrics v letu 2012, najbolj citiran članek te revije, med članki objavljenimi v letih 2012 in 2013. Tule je povezava na ta podatek http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1541-0420/homepage/MostCited.html
Ob tem naj povemo, da je Biometrics ena najbolj uglednih biostatističnih revij v svetu.
Tudi na ostalih področjih smo objavljali članke v vrhunskih revijah, na področju bibliometrije v zadnjem času kar dva v reviji Journal of Informetrics, ki je na svojem področju med 84 revijami na 2. mestu, kar šteje za vrhunski dosežek.
Naše delo na metodološkem področju se pozna tudi pri podpori raziskovalnemu delu v slovenski medicini, kjer v sodelovanju z medicinskimi raziskovalci objavimo po več deset člankov letno. Glede na majhnost skupine je to zelo veliko.
Pomen za razvoj Slovenije
V oklepajih na koncu vsake alineje so označene kode, ki jih uporablja ARRS za dejavnosti, ki družbeno-ekonomske pomembne.
Člani programske skupine predavajo na bolonjskih študijih 1. in 2. stopnje na 5 fakultetah Univerze v Ljubljani (Medicinska fakulteta (na obeh smereh), Fakulteta za veterino, Zdravstvena fakulteta (4 smeri), Fakulteta za elektrotehniko, smer Uporabna statistika) na skupno 13-ih predmetih (9 statističnih, 4 informacijskih), na dveh fakultetah Univerze na Primorskem (FAMNIT in FVZ) pri treh predmetih in na treh predmetih univerzitetnih doktorskih študijev Biomedicina in Statistika na Univerzi v Ljubljani. (B2 2.2)
V zadnjih desetih letih so bili predvideni člani programske skupine mentorji pri 5-ih doktorskih disertacijah in somentorji pri 4-ih, enkrat mentor in enkrat somentor pri magistrskih delih, 2x somentorji pri magistrskih delih bolonjskega študija, 2x mentorji in 7x somentorji pri diplomskih delih, ter 1x mentor in 4x somentorji pri diplomskih delih bolonjskega študija 1. stopnje. (B2 2.2)
Maja Pohar Perme je v prilogi Znanost časopisa Delo objavila članek Statistika v boju proti dopingu: biološki potni list z veliko verjetnostjo prinaša tudi obsodbe nedolžnih (http://m.delo.si/clanek/155859) (B2 2.4)
Člani skupine so 15.11. 2012 sodelovali v TV oddaji Dobra ura, ki je bila namenjena statistiki (ogled tukaj http://ava.rtvslo.si/predvajaj/dobra-ura/ava2.150593290/) (B2 2.4)
Janez Stare je predsednik Programskega sveta univerzitetnega doktorskega študija Statistika in podpredsednik Programskega sveta drugostopnejskega študija Uporabna statistika. (B2 2.6)
Maja Pohar Perme je članica Programskega sveta drugostopnejskega študija Uporabna statistika. (B2 2.6)
Lara Lusa je sourednica Revije Metodološki zvezki/Advances in Methodology
and Statistics. (B2 2.6)
Janez Stare je že vrsto let predsednik programskega odbora mednarodne konference Applied Statistics, Gaj Vidmar in Lara Lusa pa člana programskega odbora. (B2 2.6)
Gaj Vidmar je glavni urednik revije Informatica Medica Slovenica. (B2 2.6)
Maja Pohar Perme je sourednica revije Zdravniški vestnik. (B2 2.6)
Janez Stare je bil član programskega odbora konference ISCB V Ottawi 2013, Maja Pohar Perme pa članica programskega odbora konference ISCB v Munchnu 2013. (B2 2.6)
Janez Stare je član statističnega sveta Statističnega urada RS. (B2 2.6)
Rok Blagus je član metodološkega sveta Statističnega urada RS. (B2 2.6)
Letno opravimo 5-10 analiz za farmacevtske firme na podatkih njihovih kliničnih raziskav. (B2 2.7)
Razvili smo precej programja v okolju R, knjižnica relsurv se precej uporablja v tujini in v našem registru raka. (B2 2.8)
Izdelali smo in vzdržujemo različne informacijske sisteme za upravljanje s podatki (varno in zanesljivo multicentrično zbiranje in shranjevanje podatkov skupaj s kompleksnim iskalnikom in možnostjo objave statističnih analiz) za področja kliničnih raziskav, registrov in upravljanja s kakovostjo (npr. OI, farmacevtska podjetja, izvajalci zdravstvenih storitev). Informacijski sistemi so zgrajeni z uporabo lastne platforme, ki jo odlikuje velika prilagodljivost glede na različne vrste zbiranih podatkov (podatkovne modele) ter enostavnost za končne uporabnike. (B2 2.8)
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2015,
vmesno poročilo
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2015,
vmesno poročilo
